Program kształcenia w Anthropos umożliwia doktorantom zdobycie interdyscyplinarnej wiedzy z zakresu nauk humanistycznych i społecznych oraz realizację indywidualnego planu badawczego. Program jest podzielony na dwie części – okres przed oceną śródokresową (dwa pierwsze lata) i po tej ocenie. Przez pierwsze dwa lata doktoranci uczęszczają na wspólne dla wszystkich interdyscyplinarne konwersatoria, uczestniczą we wspólnym seminarium doktoranckim oraz warsztatach. Ten ostatni blok obejmuje m.in. ćwiczenia w zakresie pisania różnych typów tekstów naukowych po polsku i angielsku, prezentowania wyników badań, ich publikowania, prawa autorskiego, etyki badań i zdobywania środków na badania. Poza udziałem we wspólnych zajęciach doktoranci realizują indywidualną ścieżkę kształcenia w wybranym przez siebie instytucie – przez uczestnictwo w pracach zespołowych, seminariach zakładów i konsultacjach z promotorem.

Pod koniec pierwszego roku studiów doktoranci przedstawią koncepcję indywidualnego planu badawczego na otwartym seminarium, które w zamyśle ma być publiczną obroną tej koncepcji, w tym ćwiczeniem umiejętności dyskusji i argumentacji.

Po dwóch latach kształcenia i przejściu przez ocenę śródokresową doktoranci będą realizować indywidualną ścieżkę kształcenia, uczestnicząc w pracach instytutów i przygotowując pracę doktorską pod opieką promotorów.